首都儿科研究所附属儿童医院是北京地区重要的儿科诊疗中心。这家三级甲等医院同时承担着北京大学教学医院、博士硕士学位研究生培养点的职能，集医疗、科研、教学、预防于一体。据临床统计，该院2010年门急诊量达182万人次，日最高门急诊量达5869人次，年手术量7248例，服务规模在全国儿科领域位居前列。

首都儿科研究所附属儿童医院的急救专业实力突出，设有NICU、PICU及院前转运体系，机械通气治疗年超500例，该专业于2010年获评卫生部儿科重症重点学科。呼吸专业是北京市儿童呼吸道疾病诊断治疗中心，其儿童哮喘防治方案被列入科技成果推广项目，为全国哮喘儿童管理提供了科学依据。心血管专业曾牵头九省市心肌炎发病调查，多次主持制定全国诊断标准。

在疑难病诊治方面，首都儿科研究所附属儿童医院优势显著。小儿外科在胆道闭锁、复杂肛门闭锁等先天畸形微创治疗领域处于国内领先水平；血液专业成功开展干细胞移植并建立遗传性骨髓衰竭诊断体系；肾脏专业应用腹膜透析技术治疗急慢性肾衰竭取得良好效果；风湿免疫专业则在国内较早开展生物制剂及干细胞移植治疗难治性儿童风湿病。

首都儿科研究所附属儿童医院现编制床位400张，员工1200余人，其中高级职称120余人。医院设有21个临床科室，检验科已通过国际CNAS实验室认可，9个专业通过国家GCP认证。此外，该院制剂“清热散瘟口服液”入选研发项目，“肤乐霜”等传统小膏药亦获重点保护。首都儿科研究所附属儿童医院正以全面的学科布局，守护儿童健康。